結論：
黒クロ１巻のフランはベルカインに連なる同一存在、または黒クロ１巻と精霊機導弾事件は同一事件である
概要：
黒クロ１巻におけるフランと精霊機導弾事件におけるベルカインには類似点が多く、
両者は何らかの形で同一存在、または黒クロ１巻は精霊機導弾事件の同一事件ではないかと考えられます。
（なお、ベルカインの可能性は精霊機導弾事件において失われているはずなので、同一存在か同一事件か判断しかねています）
以下、根拠を提出します。
根拠１：
両者とも、少年性が言及されている
（黒クロ１巻Ｐ２２８のあとがき「今回のテーマは少年です」、
精霊ワールドガイダンスＰ５４「死体の冷凍保存」における「つまり彼は死ぬまで少年であったのだ」の文章など）
根拠２：
両者とも、奴隷階級と支配者階級の両方の属性を持っている
（フランは貴族の父と奴隷となった母との子。ベルカインは国王の父と貴族から買い取った奴隷の母との子である）
根拠３：
両者とも、父親が好色な悪趣味の支配者で、かつ理不尽が原因で母親を殺されている
“ところが奴隷の母が、父に撲殺された。僕が父の前で粗相したからだというが、
それはとってつけた言い訳だと思う。粗相というかやらかしたのは父で、
やらかされた母は死に、僕は罪をなすりつけられたというのが正解だろう。” 黒クロ１巻Ｐ１５・１６
“二三八二年。賭博に負けた腹いせで、ジャブグールⅡ世はレミネアを殺害。” サーガＰ１０５
根拠４：
両者とも、家族を殺されており、復讐心を持っている
“フラン少年はまあ、未熟というか少年らしい少年で、
自分がどんなひどい目にあっても復讐を夢見て我慢し続けられたのに、
とっさに女の子を助けられない事を悲嘆して自殺しようと考えるような奴です。” 芝村さんのツイートより
https://twitter.com/siva_yuri/status/798154366418960384
“極度に母を慕い、元から父王を憎んでいたベルカインは、秘密裏に禁忌を犯して母の遺体を冷凍保存すると、
父王への怨みを共有するイアルとともに生涯を復讐に費やすことを決意。” サーガＰ１０５
根拠５：
元気系と大人しい系？ の姉妹と知り合って慕われる。 また姉妹の父は死んでいる
（黒クロでは、イルケとオルドネーで、父親はフランと出会う２年前に死んでいる）
精霊機導弾では、ネルとシーナで、父親が反乱分子として殺されている）
根拠６：
年上の落ち着いた男に補佐される。また、復讐心を持っており、補佐している少年の親族を殺害している
（黒クロでは、イタディスが年上の落ち着いた男であり、最終的にトウメスを殺害している。
精霊機導弾では、イアルが年上の落ち着いた男であり、
ベルカインを守るために（国王の父の子を）懐妊した正妃を殺害したという説がある） サーガＰ１０５
その他の根拠：
・人種差別（？）な描写がある（難民や奴隷とスルナカン）
・自動兵器による軍事力強化と曇天神殿の羊水の中の胎児と、骸骨兵と脳が羊水につけられているウェンディシステムとの類似点
・地下に封印されている存在があり、その周辺で世界移動組織と思われる敵が暗躍している
補足的な考察：
類似点が多いことから、フランとベルカインが同一存在、または黒クロ１巻と精霊機導弾は、似たような流れだとすると、
注意すべきは封印されている曇天神と、精霊世界で起きたアルスマグナが似ていることである。また、精霊世界とガンパレ世界が二重世界であったことと
曇天神や戦闘騎の幻獣的な特徴など、ガンパレ世界と何らかの関連があることも推測される。
さらに、黒クロ１巻の最後付近での、フランの兄殺しが別の人間に阻止されたことや、フランの肉体が勝手に治ったなどの出来事は、
式神２漫画版で光太郎の兄殺しを金さんが阻止した出来事、光太郎の傷をリューンが勝手に癒した出来事（小説式神３石神迷路の解 Ｐ２６３）なども関連付けることが出来る。
他にも、婚姻の破談により都市間で緊張が高まるという出来事や、騎乗系の姉と黒髪の妹という姉妹、
また最近の黒クロのゲームにおける、味方を逃がすために命を捨てて囮になったらバーバリアンな蛮族が助けに来るという展開は、
幻想交流との類似点が見られる。
黒クロ世界と他世界との類似点には、今後も注意したほうがいいと思われる。